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- Agences nationales Erasmus+
- Agence nationale des chèques-vacances
- Agence nationale du Service civique
- Agir pour l’environnement
- Alliance Sciences et société
- Animafac
- April
- Association nationale des directeurs Éducation des villes
- Association pour la formation professionnelle des adultes
- Bibliothèques sans frontières
- Centre d’entraînement aux méthodes d’éducation active (Ceméa)
- Centre de liaison de l’enseignement et des médias d’information (Clemi)
- Centre de recherches interdisciplinaires
- Centre national des œuvres universitaires et scolaires (Cnous)
- Collectif 1001 territoires
- Collectif Enjeux e-medias
- Comité 21
- Conseil national d’évaluation du système scolaire (Cnesco)
- De l’éthique sur l’étiquette
- Fédération des Maisons des lycéens
- Fondation Evens – France
- Framasoft
- Francas
- France Culture
- France TV Education
- France Volontaires
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- Institut français de l’éducation (Ifé)
- Inversons la classe
- Jets d’encre
- Journalisme et citoyenneté / Les Assises du journalisme
- Le Labo des histoires
- Ligue des Droits de l’Homme
- Ludovia
- mediaeducation.fr
- Mediapart
- Observatoire de la laïcité
- Observatoire des politiques locales d’éducation et de réussite éducative
- Observatoire national de l’action sociale décentralisée
- Office franco-allemand pour la jeunesse
- Parcours
- Plate-forme pour le commerce équitable
- Protection judiciaire de la Jeunesse
- Réseau Canopé
- Réseau national des Écoles supérieures du professorat et de l’éducation
- Réseau français des Villes éducatrices
- Scènes d’enfance – Assitej France
- Solidar
- Tralalère
Associations nationales affiliées
- CIOFF France
- Éducation & Devenir
- Groupement des éducateurs sans frontières
- Inspecteurs de l’éducation sans frontières
- Mouvement français pour le planning familial
- Union rationaliste
La Ligue de l’enseignement participe au Réseau national des Juniors Associations avec la Fédération des centres sociaux et socioculturels de France, la Confédération des MJC de France et l’association Jets d’encre.
Elle développe le programme Lire et faire lire sur tout le territoire, avec l’Union nationale des associations familiales.